Минтранс России: ФНС не будет отказывать в налоговых вычетах, если уведомление в реестр уведомлений о транспортно-экспедиционной деятельности подано в срок

В соответствии с информацией, предоставленной Федеральной налоговой службой Минтрансу России по вопросу рисков отказа налоговых органов в случаях отсутствия экспедиторов в реестре экспедитора, Министерство сообщает. При условии своевременной подачи уведомления юридическим лицом или индивидуальным предпринимателем, осуществляющим транспортно-экспедиционную деятельность, в Реестр уведомлений о транспортно-экспедиторской деятельности и невключении в установленный срок по независящим от него причинам (отсутствие решения и отказа в регистрации в реестре), налоговыми органами автоматические отказы в принятии расходов для налогообложения прибыли организаций и вычета налога на добавленную стоимость клиентам осуществляться не будут.

Временное отсутствие сведений о компании в реестре не будет считаться нарушением, если есть доказательства того, что уведомление было подано в установленный срок. 

Новое обязательное требование о регистрации экспедиторов в реестре действует с 1 марта 2026 года, и все организации должны учитывать его при работе с контрагентами.

Согласно разъяснениям ФНС, само по себе отсутствие сведений в Реестре о юридическом лице или индивидуальном предпринимателе, осуществляющем транспортно-экспедиторскую деятельность и оказывающем транспортно-экспедиторские услуги налогоплательщику, не влечет риски негативных налоговых последствий для заказчиков (клиентов) в части признания расходов для целей налогообложения прибыли организаций, а также зачета сумм налога на добавленную стоимость по операциям с экспедиторами, статус которых в Реестре не подтверждён на дату совершения операции, при условии наличия доказательств надлежащего исполнения экспедитором обязанности по подаче уведомления в Реестр.

Налоговые органы анализируют совокупность обстоятельств, в частности, подтверждающих реальность факторов хозяйственной деятельности и отсутствие искажений сведений о хозяйственной деятельности, указанных в статье 54.1 Налогового кодекса РФ.

В случае возникновения необходимости и в рамках, предусмотренных Налоговым кодексом РФ и Положением о Федеральной налоговой службе, ФНС России будет осуществлять свои полномочия через деятельность территориальных налоговых органов. Эти действия будут выполняться в контексте исполнения положений ФЗ № 140-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «О транспортно-экспедиторской деятельности» и отдельные законодательные акты Российской Федерации». 

Ранее Минтранс России давал разъяснения относительно реестра уведомлений о транспортно-экспедиторской деятельности в контексте переходного периода. В частности, ведомство пояснило, что меры ответственности за невключение экспедитора в реестр не применяются, если участник рынка своевременно подал уведомление в уполномоченный орган и может подтвердить этот факт документально.

Речь идет о случаях, когда уведомление было направлено через портал Госуслуг в установленные сроки, с фиксацией даты и времени приема, но внесение сведений в реестр задержалось по причинам, не зависящим от заявителя. К таким причинам могут относиться технические сбои, высокая нагрузка на государственные сервисы или несоблюдение сроков рассмотрения уведомлений уполномоченным органом. При этом механизм защиты распространяется только на добросовестных заявителей и не применяется, если экспедитор представил заведомо недостоверные или неполные сведения либо допустил иные признаки злоупотребления правом.

Такой подход позволяет учесть сжатые сроки переходного периода, отраслевые особенности транспортно-логистического рынка и возможные внешние препятствия при подаче уведомлений. Таким образом Минтранс России создаёт справедливые условия для участников транспортно-логистического рынка при внедрении единого окна взаимодействия участников перевозочного процесса и государства.