В 1942 году, как и многих сверстников, его призвали в ряды Красной Армии и направили в Махачкалинское военное пехотное училище, из выпускников которого потом были сформированы отдельные горнострелковые отряды, предназначенные для защиты Сухуми.

Разведчики Через Марухский и Клухорский перевалы выводили из окружения раненых и ослабленных бойцов. Во время прорыва кольца окружения вывели раненого командира взвода (за это Зудилин М.В.был награжден медалью «За боевые заслуги»). Далее попал в 83-й запасной стрелковый полк. После прохождения медкомиссий при отборе военных специалистов его направили в 1 Военную авиационную. С мая 1944 года шесть месяцев курсант Зудилин изучал самолеты, моторы, теорию и технику полетов, проходил штурманскую и парашютную подготовку. В ноябре 1944-го был направлен в Тамбовское авиационное училище.